Türkiye Sağlık Enstitüleri Başkanlığı(TÜSEB) Acil Araştırma ve Geliştirme Projelerini Destekleme Programı kapsamında destek almaya hak kazanan proje ve özetleri şöyle: Gebze Teknik Üniversitesi(GTÜ) Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü Yüksek Lisans Öğrencisi Ayşenur Kocaman’ın yürütücülüğünde, GTÜ Moleküler Biyoloji ve Genetik Bölümü öğretim üyesi Prof. Dr. Işıl Kurnaz’ın danışmanlığında, “ELK1’in ALS Hastalığı ile İlişkili Genlerle Yaptığı Potansiyel Regülasyon Ağının İncelenmesi” başlıklı projenin özeti: Amyotrofik lateral skleroz (ALS), istemli kas hareketlerini kontrol eden hem üst hem de alt motor nöronları etkileyen ilerleyici bir nörodejeneratif hastalıktır.
Nöronal işlev bozukluğu ve sonucunda hücre ölümü ile karakterize edilen birçok nörodejeneratif hastalığın ortak özelliği gibi ALS hastalığında da sinir sistemi boyunca hücrelerde protein agregatları birikmektedir. Nöronlar üzerinde yapılan çalışmalarda ETS transkripsiyon faktörü ailesinden biri olan ELK1’in nöronal büyümede ve nöronal sağkalımda rol aldığı ve de nöroprotektif etkisi olduğu görülmüştür. Bu projede ELK1’in regüle ettiği ALS ile ilişkili genlerin belirlenmesi ve validasyonunun yapılması planlanmaktadır. Yapılması planlanan deneyler sonucunda elde edilecek sonuçların, ELK1’in ALS hastalığı ile ilişkili genlerle olan potansiyel regülasyonuna ve ileriki dönemlerde geliştirilebilecek olan ALS hastalığına yönelik potansiyel terapötik ve/veya nöroprotektif çalışmalara da yol açması beklenmektedir. GTÜ Biyomühendislik Bölümü Araştırma Görevlisi Ecehan ABDİK'in yürütücülüğünde, GTÜ Biyomühendislik Bölümü Öğretim Üyesi Prof. Dr. Tunahan Çakır'ın danışmanlığında, "Genom Ölçekli Metabolik Modelleri Transkriptom Verileri ile Birleştiren Yenilikçi Bir Algoritma ile Alzheimer Hastalığı Alt Tipleri için Metabolit Biyobelirteçlerin Tahmini" başlıklı projenin özeti: Alzheimer hastalığının popülasyon içerisinde heterojen özelliklere sahip olması nedeniyle hastalık alt tiplerine özel biyobelirteçlerin belirlenmesi, erken teşhis ve kişiye özel tedavilerin geliştirilmesinde ilk adım olarak büyük öneme sahiptir.
Transkriptom verisi ve genom ölçekli metabolik modellerin entegre edilerek kullanımı, hücre dışına salgılanan metabolitlerin salgılanma eğilimlerinin/miktarlarının transkriptom verisindeki değişikliklere bağlı olarak hesaplanması ve biyobelirteç olma olasılığı yüksek metabolitlerin belirlenmesi için büyük potansiyele sahip bir yaklaşımdır. Bu projede, yürütücünün geliştirdiği ve genom ölçekli metabolik modelleri transkriptom verisi ile entegre ederek kullanan biyobelirteç tahmin algoritması Açık-Kapalı Reaksiyonlarla Transkriptom Tabanlı Metabolit Biyobelirteçleri (TAMBOOR), yüzlerce hastadan oluşan iki farklı Alzheimer hastalığı kohortuna ait transkriptom verisine uygulanacak ve hastalık alt tipleri için güvenilir biyoberteçler önerilecektir.
